2006年，国家重大基础研究计划“蛋白质研究”正式启动，作为科技部指定的项目依托基地，我所承担了“重要功能蛋白质复合体的功能与结构研究”和“重要功能膜蛋白的功能与结构研究”两个项目。
在过去的两年时间里，围绕项目既定的研究目标，项目组成员潜心研究、共同攻关，取得了一批阶段性研究成果。研究所与项目组专家对项目执行和经费分配作了统筹安排，协调各课题组之间的合作关系，并在2007年夏季PI会上进一步凝练重大科学问题，启动了攻关课题，使项目从研究任务、队伍结构、资源利用、经费使用上得到了合理分配。以此项目为牵引，研究所积极推进创新团队建设，鼓励围绕重大科学问题集体攻关并给与经费倾斜，形成了“结构生物学”，“DNA损伤修复相关蛋白质复合体结构与功能”、“重要免疫调节蛋白对肿瘤间质细胞的作用与机制研究”等研究团队。
2007年12月，科技部组织专家对基地项目进行了中期评审，课题负责人唐捷研究员、杭海英研究员、秦燕研究员、蒋太交研究员、戚智副研究员对专家组作了课题进展报告。2008年初，首席科学家王志珍院士、陈畅研究员又分别向专家组就项目的整体运行情况作了详细汇报。专家组在听取项目首席的项目进展报告并审阅项目中期汇报材料后，一致认为两个项目运行状态良好，对项目组的研究进展给予了充分肯定和好评，基地项目顺利通过“2+3”中期评审，项目进入后三年执行期。
2008年，973计划和重大科学研究计划正在紧张申报过程中，预祝项目申报工作取得圆满成功。
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