生物物理研究所实施国际化发展战略，着力推进与国际一流研究机构和著名企业建立长期战略合作伙伴关系。与美国、英国、澳大利亚、德国、日本、中国澳门等十余个国家和地区建立了实质性合作，开展包括共建联合实验室、人才互访、研究生联合培养、科研项目联合攻关等实质性合作；积极建议、申请和承担国际合作重大项目，多次获得国家基金委重大国际(地区) 合作研究项目、科技部国际科技合作专项项目和政府间合作项目的资助。研究所还积极组织、推荐科学家到国际学术机构任职，不断提升研究所的国际学术地位和影响。