在贯彻落实党的十六届六中全会“关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定”的伟大实践中，如何认识正确把握“和谐”社会的内涵与外延，如何正确理解“和谐”社会的政治构想，如何正确认识“和谐”社会与社会主义市场经济体制及社会主义法制社会之间的关系，以上问题均有待于基层党组织，尤其是党员领导干部进一步加强学习、统一认识。2006年12月26日上午，生物物理研究所党委中心组第四次学习专就此问题开展了学习与讨论。
所党委委员杨星科、龚为民、赫荣乔、吴乐斌、刘力、仓怀兴、徐燕南参加了会议。党委书记杨星科同志主持会议并作了题为“关于建立和谐社会的几点体会”的主题发言。杨星科同志从对构建社会主义和谐社会的基本理解、实现和谐的基本理念、造成社会不和谐主要因素的分析、如何构建和谐研究所等四个方面进行了系统介绍。
首先，“和谐”是运动中的平衡、差异中的协调、纷繁中的有序和多样性中的统一，不能把“和谐”和“矛盾”绝对对立；同时，“和谐”也不等于“一片和气”。社会的稳定与和谐应在社会发展和进步的动态过程中体现出来。掩盖矛盾、粉饰太平、固步自封，只会导致社会更加得不稳定。
其次，要实现和谐社会，我们必须认识到：矛盾时时有，矛盾处处在，越难越迎头而上，惟此才有出路，才能达向和谐。而解决矛盾，绝不是非此即彼，而是要使矛盾双方的对立和差异相对均衡、相对中和；对待矛盾和问题，可以做工作，但不能迁就；可以有耐心，但不能姑息。我们要认识到，目前还存在着诸如公共权力的扭曲运作、“社会公平”核心价值理念的失衡，以及分配中出现的新问题不和谐因素。
杨星科同志在学习报告中指出，为了端正态度，统一认识，积极在创新三期构建社会主义的“和谐”研究所，必须做到：１、民主参与、民主决策应更加完善，依法治所、以德兴所基本方略应得到全面落实，职工的权益应得到切实尊重和保障；２、科学布局应更加科学，各学科之间的发展应更加协调，人力资源配置应更加合理；３、管理体系应更加完善，管理效率应更加提高，服务意识应更加强化；４、全所职工的思想道德素质、科学文化素质和身体健康素质应有明显提高，进一步形成良好的道德风尚、和谐的人际关系；５、全体科研人员的创造活力要有显著增强，自主创新的能力应更加提高，创新氛围更加浓郁；６、资源利用效率显著提高，生活及工作条件明显改善，收入分配更加合理。
随后，党委委员们围绕杨星科同志的发言进行了热烈讨论。大家一致认为，建设社会主义和谐社会是在建立社会主义市场经济、建设社会主义法制国家的基础上，我党提出的更高奋斗目标，这既是对前一阶段工作的肯定，同时又提出了新的更高的要求。为此，我们首先不能放松社会主义市场经济体制的建设，要鼓励竞争、激励创新而不能一味地寻求绝对公平的“平均主义”；其次，不能放松社会主义民主法制建设，只有通过民主、合理的法律、法规来协调、规范公民的社会行为及利益分配才能真正实现人与人、人与社会、人与自然的和谐共处。
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