2006年3月2 - 3日，由国家科技部、国家自然科学基金委组织的重点实验室评估专家小组来到生物物理研究所，现场评估考察了研究所脑与认知科学国家重点实验室的运行情况和工作成果。
2日下午，科技部、基金委的领导以及评估组专家听取了实验室主任陈霖院士所作的主任报告和两个代表性成果报告，两个代表性成果报告分别由郭爱克院士和卓彦研究员汇报。香港大学潭力海教授做了脑与认知科学国家重点实验室伙伴实验室的工作报告。每一个报告结束后均进行了10分钟的答辩与讨论。
3日上午，专家组对实验室进行了现场考察，考察的范围包括每一个课题组的情况介绍，科研环境、仪器设备以及实验室的建设等情况。研究所党委书记杨星科代表所领导班子对专家组的到来表示了热烈欢迎。
实地考察结束后，评估专家组分为两个小组通过随机选取的方式，对实验室的部分成员进行了个别访谈，就实验室的科研、技术以及管理方面的具体情况作了细致的了解。国家基金委和科技部的相关负责人对实验室的研究成果展、基金的获得等材料进行了仔细的核对。
3日下午，国家基金委领导和评估专家组召开了评审讨论会，对实验室的五年来的工作进行了综合评议，并向脑与认知科学国家重点实验室和生物物理研究所的相关负责人宣读了评估意见。
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