1991 - 1995 武汉大学病毒系,获理学学士学位
1995 - 1998 北京医科大学生物物理系,获理学硕士学位
1998 - 2003 德国马普细胞生物学研究所/海德堡大学生物系,获博士学位
2003 - 2009 美国霍华德休斯医学研究院 (HHMI),博士后。
2009 - 至今 中国科学院生物物理研究所,博士生导师
2015年 国家自然科学基金委员会“杰出青年”
2015年 获科技部“中青年科技创新领军人才”
2017年 入选霍华德·休斯医学研究院(HMMI)国际学者
2015年 中国科学院大学生物化学与分子生物学教研室副主任
2017年 任《Genome Biology》和《JBC》 杂志编委
2018年 任《中国科学:生命科学》杂志编委
本研究组主要从事染色质结构和表观遗传调控的研究,重点研究胚胎干细胞发育分化过程中染色质高级结构动态变化及其表观遗传调控的分子机理,阐明染色质高级结构动态调控在细胞命运决定中的生物学功能和分子机理。我们的工作主要包括以下三个方向:
1. 30nm染色质纤维的组装、结构和调控机理研究
染色质结构的动态变化在基因转录沉默和激活过程中起重要作用,为表观遗传提供一个重要的信息整合平台。一方面,核小体折叠形成结构紧密的高级结构30nm纤维,导致基因沉默;另一方面,基因激活过程中的关键步骤则是30nm染色质纤维的解聚和重塑,从而使各种转录因子及转录机器可以接近DNA。染色质重塑,包括30nm染色质高级结构的动态变化,受各种表观遗传机制的调控。目前人们对于30nm染色质纤维的组装、精细结构模型及其表观遗传调控机理的研究还十分有限。我们课题组将利用体外染色质组装体系来重建30nm染色质纤维,结合单分子FRET、单分子磁镊、分析超速离心、电镜、高精度冷冻电镜和X射线晶体学等技术手段来研究30nm染色质纤维精细结构的建立;从分子水平上阐明各种表观遗传机制如组蛋白变体、DNA甲基化/羟甲基化和特异位点的组蛋白化学修饰等对30nm染色质纤维组装和基因转录的调控机理。
2. 着丝粒染色质结构和功能研究
着丝粒是确保细胞分裂过程中染色体正常分离的一段重要的染色质区域,对生物个体基因的稳定遗传起着非常重要的作用。CENP-A作为着丝粒染色质的表观遗传学标记,是染色质核心组蛋白H3在着丝粒上的特异变体。但是到目前为止,我们对于着丝粒染色质的组成和结构、其特异组蛋白变体CENP-A的动态组装及其调控、着丝粒染色质及其表观遗传调控在干细胞生物学和重要疾病(如癌症和衰老)中的生物学功能等方面的认识还相当有限。我们课题组基于染色质体外重建系统,结合细胞生物学、生物物理、生物化学和分子生物学技术,系统地研究组蛋白变体CENP-A核小体的组成和结构、CENP-A在细胞周期中的动态组装、CENP-A对着丝粒核小体和染色质高级结构的调控机理、以及着丝粒染色质在干细胞自我更新和定向分化、肿瘤发生和细胞衰老中的生物学功能。
3. 染色质结构和细胞命运决定的分子机理研究
在未分化的胚胎干细胞中,基因组染色质的结构比较松散、动态和开放。干细胞分化过程中,基因组染色质的表观遗传标签发生编程式变化,与之相对应的是各种复杂的染色质高级结构开始形成,染色质在核内组织形成结构和功能各异的染色质功能区。同时,一些分化细胞特异的染色质组织因子开始表达,如核纤层蛋白Lamin A/C、核基质蛋白以及核膜内层蛋白质等。这些蛋白与染色质特定区域紧密结合形成各种异染色质结构,通常这些异染色质位于核膜/核纤层下的核周边区域,在组织特异性基因的转录调控中起重要作用。但是,目前对异染色质的这一特定核内分布的分子机理还不清楚。我们课题组主要采用各种分子生物学、生物化学、生物物理、细胞生物学等技术研究胚胎干细胞定向分化过程中,染色质和核膜/核纤层的动态相互作用及其表观遗传调控,阐明异染色质(heterochromatin)在核膜/核纤层下形成和维持的分子机理。这些研究为我们进一步理解核纤层蛋白病的发病机理,特别是理解染色质结构在核纤层蛋白A变异导致的儿童早衰疾病中的可能作用机理奠定基础。
1. Wenyan Li#, Jie Hu#, Feng Song#, Juan Yu#, Xin Peng, Shuming Zhang, Lin Wang, Mingli Hu, Jia-Cheng Liu, Yu Wei, Xue Xiao, Yan Li, Dongyu Li, Hui Wang, Bing-Rui Zhou, Linchang Dai, Zongjun Mou, Min Zhou, Haonan Zhang, Zheng Zhou, Huidong Zhang, Yawen Bai, Jin-Qiu Zhou, Wei Li, Guohong Li* & Ping Zhu*. Structural basis for linker histone H5-nucleosome binding and chromatin fiber compaction. Cell Research. (2024)
2. Ping Chen*, Guohong Li*, Wei Li*. Nucleosome Dynamics Derived at the Single-Molecule Level Bridges Its Structures and Functions. JACS Au, 4, 866-876. (2024)
3. Jicheng Zhao#, Jie Lan#, Min Wang#, Cuifang Liu#, Zheng Fang, Aoqun Song, Tiantian Zhang, Liang Wang, Bing Zhu, Ping Chen*, Juan Yu*, Guohong Li*. H2AK119ub1 differentially fine-tunes gene expression by modulating canonical PRC1- and H1-dependent chromatin compaction. Molecular Cell, 84, 1191-1205.e1197. (2024)
4. Chao-Pei Liu#, Zhenyu Yu#, Jun Xiong#, Jie Hu#, Aoqun Song#, Dongbo Ding#, Cong Yu, Na Yang, Mingzhu Wang, Juan Yu, Peini Hou, Kangning Zeng, Zhenyu Li, Zhuqiang Zhang, Xinzheng Zhang, Wei Li, Zhiguo Zhang, Bing Zhu*, Guohong Li*, Rui-Ming Xu*. Structural insights into histone binding and nucleosome assembly by chromatin assembly factor-1. Science, 381, eadd8673. (2023)
5. Cuifang Liu#, Juan Yu#, Aoqun Song#, Min Wang, Jiansen Hu, Ping Chen, Jicheng Zhao* & Guohong Li*. Histone H1 facilitates restoration of H3K27me3 during DNA replication by chromatin compaction. Nat Commun, 14. (2023)
6. Li Huang#, Youwang Wang#, Haizhen Long#*, Haoqiang Zhu, Zengqi Wen, Liwei Zhang, Wenhao Zhang, Zhenqian Guo, Longge Wang, Fangyi Tang, Jie Hu, Keyan Bao, Ping Zhu*, Guohong Li* and Zheng Zhou. Structural insight into H4K20 methylation on H2A.Z-nucleosome by SUV420H1. Molecular Cell, 83, 2884-2895.e2887. (2023)
7. Yuting Liu#, Kehui Wang#, Li Huang#, Jicheng Zhao, Xinpeng Chen, Qiang Wu, Zhouliang Yu*, Guohong Li*. Ser68 phosphoregulation is essential for CENP-A deposition, centromere function and viability in mice. Science China-Life Sciences, 65, 1881-1889. (2022)
8. Rui Hu #, Cuifang Liu #, Wenlong Lu, Guanghao Wei, Dapeng Yu, Wei Li, Ping Chen, Guohong Li*, Qing Zhao*. Probing the Effect of Ubiquitinated Histone on Mononucleosomes by Translocation Dynamics Study through Solid-State Nanopores. Nano Letters, 22, 888-895. (2022)
9. Cuifang Liu#, Jicheng Zhao#, and Guohong Li*. Preparation and Characterization of Chromatin Templates for Histone Methylation Assays. Methods in Molecular Biology, 2529, 91-107. (2022)
10. Yang Yang#, Liwei Zhang*#, Chaoyang Xiong, Jun Chen, Li Wang, Zengqi Wen, Juan Yu, Ping Chen, Yanhui Xu, Jingji Jin, Yong Cai* and Guohong Li*. HIRA complex presets transcriptional potential through coordinating depositions of the histone variants H3.3 and H2A.Z on the poised genes in mESCs. Nucleic Acids Research, 50, 191-206. (2022)
11. Ping Chen*, Wei Li* and Guohong Li. Structures and Functions of Chromatin Fibers. Annual Review of Biophysics, 50, 95-116. (2021)
12. Kehui Wang*, Yuting Liu*, Zhouliang Yu*, Bo Gu, Jie Hu, Li Huang, Xiao Ge, Lingyi Xu, Mengyu Zhang, Jicheng Zhao, Mingli Hu, Rongrong Le, Qiang Wu, Sheng Ye, Shaorong Gao, Xiaodong Zhan, Rui-Ming Xu, and Guohong Li#. Phosphorylation at Ser68 facilitates DCAF11-mediated ubiquitination and degradation of CENP-A during the cell cycle. Cell Reports, 37, 109987. (2021)
13.Guohong Li*. The 3D organization of genome in the nucleus: from the nucleosome to the 4D nucleome. Science China-Life Sciences, 63, 791-794. (2020)
14. Juan Yu#, Chaoyang Xiong#, Baowen Zhuo#, Zengqi Wen, Jie Shen, Cuifang Liu, Luyuan Chang, Kehui Wang, Min Wang, Chenyi Wu, Xudong Wu, Xueqing Xu*, Haihe Ruan*, and Guohong Li*. Analysis of Local Chromatin States Reveals Gene Transcription Potential during Mouse Neural Progenitor Cell Differentiation. Cell Reports, 32, 107953. (2020)
(资料来源:李国红研究员,2024-08-28)
创新研究群体项目获得者
李国红(客座) 博士 研究员 博士生导师
研究方向:染色质结构和表观遗传调控的研究
电子邮件:liguohong@ibp.ac.cn
电 话:010-64856269
通讯地址:北京市朝阳区大屯路15号(100101)
英文版个人网页:http://english.ibp.cas.cn/sourcedb/rck/EN_xsszmL/202005/t20200519_341401.html
课题组网站:http://www.ibp.cas.cn/lighLab/