2 月 23 日 生物物理所泰州分部成立。

2 月 27 日 王志珍获全国“三八红旗手”荣誉称号。

2 月 27 日 中生北控生物科技股份有限公司在香港创业。

5 月 8 日 徐涛获第十届“中国青年五四奖章”。

5 月 26 日 中国科学院-日本东京大学结构病毒学与免疫学实验室 (LSVI)在生物物理所挂牌成立。

6 月 6 日 饶子和获陈嘉庚生命科学奖。

9 月 6 日 由中国科学院和北京市人民政府主办，北京市人民政府外事办公室、中国科学院国际合作局、生物物理所联合承办的“2006诺贝尔奖获得者北京论坛-生命科学圆桌会议”在生物物理所举行。诺贝尔奖获得者罗伯特·胡 伯尔、哈特穆特·米歇尔、费里德·穆拉德、路易斯J.· 伊格纳罗和阿龙·西查诺瓦等五位科学家与中国科学院12个研究所的青年科学家代表和青年学生代表400余人进行面对面的沟通与交流。

10 月 22 日 由国际结构基因组学联合会主办，生物物理所等单位联合承办的第四届国际结构基因组学大会在北京 召开。

11 月 17 日 中国生物物理学会光生物学专业委员会举办第三届亚洲大洋洲光生物学大会，沈恂任会议主席。本次大会由亚洲大洋洲光生物学学会发起。

11 月 23 日 邹承鲁因病逝世，享年84岁。

12 月 14 日 科技部召开启动国家实验室建设工作通气会，依托生物物理所建设的蛋白质科学国家实验室成为即将启动的10个国家实验室之一 。2007年4月19日，蛋白质科学国家实验室筹备办公室正式成立。

郭爱克获何梁何利科学与技术进步奖。

饶子和获第三世界科学院第里雅斯特科学奖。