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邓红雨课题组自2005年成立以来，已承担并完成了多项国家自然科学基金委、科技部、中科院下达的科研项目，具体如下：
目前主要在研项目
| 经费来源 |
项目名称 |
| 中国科学院其它任务 |
病原微生物侵染机制与精准疫苗开发 |
| 国家重点研发计划 |
新型冠状病毒重塑宿主细胞关键细胞器的机制研究 |
| 中国科学院战略性先导科技专项（B类） |
疱疹病毒及冠状病毒感染过程中的天然免疫信号传导研究 |
| 国家自然科学基金委创新研究群体项目 |
病毒、病毒感染与宿主免疫 |
近期已结题项目
| 经费来源 |
项目名称 |
| 中国科学院重点部署项目 |
鼻咽癌等临床重要问题的多学科协同研究 |
| 国家自然科学基金委重点项目 |
间质蛋白介导致瘤疱疹病毒组装释放的机理研究 |
| 国家重点研发计划 |
疱疹病毒侵入与组装释放过程中蛋白质机器的功能机制 |
| 科技部973计划 |
慢性丙型病毒性肝炎免疫逃逸与免疫病理研究 |
| 国家杰出青年科学基金 |
肿瘤病毒学 |
| 中国科学院重点部署项目 |
干扰素效应因子抗病毒作用的分子网络 |
| 国家科技重大专项 |
基于生物信息学与结构生物学的病原体生物标志物的优化研究平台 |
| 国家自然科学基金委面上项目 |
间质蛋白ORF33在γ疱疹病毒形态发生与释放中的作用及机理研究 |
| 科技部973计划 |
病毒潜伏感染的分子机制 |
| 国家自然科学基金委重点项目 |
肿瘤相关疱疹病毒MHV-68基因组裂解期复制机理的研究 |
| 科技部973 |
丙型肝炎病毒感染及防治的基础研究 |
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